TEMEL VETERİNER GENETİK

İn-vitro: Canlılarla ilgili biyokimyasal işlemlerin canlı üzerinde değil de yapay ortamda, örneğin petri kabında, deney tüplerinde yapılmasıdır.

Amerikalı Biyokimyacı Karry Banks Mullis tarafından 1983’de Polimeraz Zincir Reaksiyonunun (Polymerase Chain Reaction, PCR/PZR) tanımlanması ve çalışmanın 1987 yılında yayınlanmasının ardından moleküler tekniklere her geçen gün yeni bir teknik eklenmiştir.

PCR tüm bir genom yerine, sadece genom üzerinde seçilen bir DNA bölgesinin çoğaltılmasını sağlamaktadır. Bu işleme yükseltgenme denilmektedir.

Sonraki aşamada ise ısıya dirençli polimeraz enzimi primerlerin 3’ ucundan başlayarak yeni bir DNA sentezlemektedir. Bu aşamaya uzama (elongation) adı verilmektedir. Uzama 70°C’de olmaktadır ve enzim bir primerin varlığına ihtiyaç duymaktadır. Ayrıca burada unutulmaması gereken bir diğer önemli konu da uzamanın sadece 5’-3’ yönünde olduğudur. Polimeraz enzimi kalıp DNA’yı 3’-5’ yönünde okur ama komplementerini 5’-3’ yönünde sentezler.

Tampon: Asit ve bazların bir araya gelerek oluşturdukları tuzdan oluşan, pH değişmesine direnç gösteren özel pH değerine sahip bir sistem veya çözelti, buffer.

Elektroforez işleminde elektrik akımını ileten bir tampon sıvı, katı ortam oluşturmak için kağıt, selüloz asetat, nişasta, agaroz veya poliakrilamid ile doğru akım üretmek için bir güç kaynağı gerekmektedir. Jel elektroforezinde, katı alan oluşturmak amacıyla çok farklı kimyasallar kullanılmakla birlikte sıklıkla akrilamid ve kırmızı algden üretilen agaroz tercih edilmektedir. Bu kimyasalların polimerizasyonu sırasında por adı verilen gözle görülemeyen gözenekler oluşmaktadır.

Polimorfik DNA’nın rastgele çoğaltılması (random amplified polymorphic dna, RAPD): Bu teknik, yaklaşık 10 nükleotid uzunluğunda çok sayıda primer kullanılarak genom üzerinde rastgele bölgelerin PCR yoluyla çoğaltılması ve görüntülenmesine dayanmaktadır.

Mikrosatellit terimi, genomda dağılmış olarak bulunan 2-6 baz çiftinin değişken sayıda tekrarını ifade etmektedir. Genomdaki ikili tekrarların mikrosatellit kabul edilebilmesi için en az 7 tekrar olması gerekmektedir.

Prob: 20-100 nükleotid uzunluğundaki DNA parçalarıdır. Genellikle floresan boyalarla işaretlenerek bir reaksiyonun oluşumunu kontrol için kullanılırlar.

Belirteç Yardımcılı Seleksiyon’da, DNA belirteçleri nicel karakterleri kodlayan genlerin yer aldığı kromozom bölgelerini işaret etmektedirler. Bu kromozomal bölgelere Nicel Karakter Lokusları (Quantitative Trait Loci, QTL) adı verilmektedir. QTL’ler, bir nicel karakterin ifade edilme derecesi üzerinde anlamlı etkileri bulunan lokuslardır.

Kesilmiş parçacık uzunluk polimorfizmi (restriction fragment length polymorphism, RFLP): PCR-RFLP tekniği DNA üzerindeki varyasyonlara dayanmaktadır. İstenilen bölgenin PCR’ının ardından restriksiyon endonükleaz enzimleri kullanılarak DNA’nın parçalara ayrılması prensibine dayanmaktadır. Enzimin tanıdığı ve kesim yaptığı bölgedeki baz farklılıklarına göre de kesilip kesilmemeye bağlı olarak farklı uzunlukta DNA parçaları elde edilmektedir. Kesilmiş parçacıkların ayrımı da yine jel elektroforezi yoluyla yapılmaktadır. Doğru cevap A seçeneğidir.

Mikrosatellit terimi, genomda dağılmış olarak bulunan 2-6 baz çif­tinin değişken sayıda tekrarını ifade etmektedir. Hayvanlarla ilgili çalışmalarda en sık kullanılan belirteçlerden birisi olan mikrosatellitler, eşbaskın (ko-dominant) kalıtım göstermektedirler. Bu yüzden özellikle ebeveyn belirleme testlerinde, adli olaylarda ve populasyon çalışmalarında sıklıkla tercih edilmektedirler. Doğru cevap A seçeneğidir.

Kimyasal kırılma yöntemi, baz-spesifik-kimyasallar yardımıyla, DNA’da yer alan bazı nükleotit bölgelerinde şeker-fosfat iskeletinde rastgele kırılmalar oluşturulmasına dayanmaktadır. Bu amaçla hidrazin, dimetil sülfat ya da formik asit kullanılarak bazlar değişikliğe uğratılmakta ve daha sonra piperidin yardımıyla degişikliğe uğramış nükleotitlerin bulunduğu noktalardan DNA zinciri kırılmaktadır. Doğru cevap E seçeneğidir.

Plazmid vektörleri, bazı prokaryotlarda (bakteriler) ve maya, flamentöz mantar, mavi algler gibi ökaryotik organizmalarda bulunmaktadırlar. Plazmidler, çok sayıda, kolay ve ucuz elde edilmeleri, çift iplikçikli, sarmal ve sirküler bir yapıya sahip olmaları, hastalık yapıcı etkiye sahip olmamaları, gibi nedenlerle tercih edilmektedirler. Ancak taşıyabilecekleri DNA parçası yaklaşık 3 kilobazdır. Bakteriyofaj da denilen fajlar ise bakterilerin içerisine giren, üreyen ve genetik taşıyıcı olarak görev yapan viruslardır. Fajların bazıları bakterinin ölümüne neden olurken bazıları da kendi genomunu bakterinin genomuna aktararak onunla beraber replikasyona uğramaktadırlar. Kozmid ve lambda fajları en sık kullanılan faj vektörleridir. Doğru cevap C seçeneğidir.

Isıya dirençli polimeraz enzimi primerlerin 3’ ucundan başlayarak yeni bir DNA sentezlemektedir. Bu aşamaya uzama (elongation) adı verilmektedir. Uzama 70°C’de olmaktadır ve enzim bir primerin varlığına ihtiyaç duymaktadır. Doğru cevap D'dir.

Jel elektroforezi, DNA, RNA ve protein gibi biyolojik makromoleküllerin, elektriksel bir alanda, katı bir ortamda molekül ağırlıkları ve sahip oldukları elektrik yüküne göre göç etmeleri prensibine dayanmaktadır. Moleküllerin yük ve ağırlıklarına göre katettikleri mesafe de farklı olmaktadır. Diğer bir deyişle, düşük ağırlıklı moleküller ya da az baz çif­ti içerenler hızlı hareket ederken, büyük moleküller daha yavaş hareket etmektedirler. Doğru cevap D seçeneğidir.

Kuş biyoreaktör hayvan değildir. Doğru cevap E seçeneğidir.

Belirteç Yardımcılı Seleksiyon’da, DNA belirteçleri nicel karakterleri kodlayan genlerin yer aldığı kromozom bölgelerini işaret etmektedirler. Bu kromozomal bölgelere Nicel Karakter Lokusları (Quantitative Trait Loci, QTL) adı verilmektedir. QTL’ler, bir nicel karakterin ifade edilme derecesi üzerinde anlamlı etkileri bulunan lokuslardır. Verim karakterleri olarak da ifade edilen bu karakterlerin çoğu, her biri küçük etkilere sahip toplamalı birçok gen tarafından kontrol edilmektedirler. Doğru cevap A'dır.

Tekli nükleotit polimorfizmi (TNP; single nucleotide polymorphism, SNP): Genom üzerinde belirli bölgelerde bireyler arasındaki tek bazlık farklılığa dayanan (A,T, G ya da C) polimorfizm türüdür. Bu tek bazlık farklılıklar, bazı hayvanların farklı görünmesinin, bazı hayvanların hastalıklara dirençli olmasının ya da davranış farklılıkları olmasının sebebi olabilmektedir. Doğru cevap B seçeneğidir.

Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction, PCR/PZR), DNA dizilerinin in-vitro olarak çoğaltılması demektir. PCR ile çok az miktarlardaki DNA molekülü, kısa bir süre içinde yüksek miktarlara çıkartılmaktadır. Doğru cevap A seçeneğidir.